Vào cuối tháng 9 năm 1989, một rãnh gió mùa hoạt động ở Biển Đông đã sản sinh ra một vùng nhiễu động nhiệt đới trên khu vực gần Bắc Luzon. Đến ngày 28 tháng 9, một dải đối lưu rộng liên kết với một vùng áp suất thấp yếu đã phát triển trong phạm vi rãnh gió mùa.[2] Cuối ngày, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) bắt đầu theo dõi hệ thống như là một áp thấp nhiệt đới.[3][nb 1] Được sự trợ giúp của một xoáy nghịch mạnh, vùng thấp đã nhanh chóng tổ chức, thúc đẩy Trung tâm Cảnh báo Bão Liên hợp (JTWC) ban hành một "Cảnh báo về sự hình thành của xoáy thuận nhiệt đới".[nb 2] Ban đầu hệ thống di chuyển về phía Tây phụ thuộc áp cao cận nhiệt, nhưng vào ngày 30 tháng 9 khi áp cao này suy yếu, vùng áp thấp trở nên gần như ít di chuyển, với vị trí khi đó nằm cách Hong Kong khoảng 360 km (225 dặm) về phía Đông Nam. Một thời gian ngắn sau khi hệ thống trở nên ngừng trệ trong chuyển động, JTWC đã phân loại nó là áp thấp nhiệt đới.[2]

Sau khi áp cao mạnh trở lại vào cuối ngày 30, áp thấp nhiệt đới đã khôi phục quỹ đạo di chuyển chủ yếu là Tây, lần này hơi chếch xuống phía Nam. Khi đó, hệ thống đã đạt cấp độ bão nhiệt đới và được JTWC đặt tên là Brian. Trong khoảng 24 giờ sau, Brian mạnh lên nhanh chóng và đạt cường độ bão cuồng phong vào cuối ngày 1 tháng 10.[2] Sau khi phát triển ra một mắt bão lớn,[6] Brian đạt đỉnh trong ngày mùng 2 với vận tốc gió duy trì một phút 150 km/giờ (90 dặm/giờ).[2] Cũng trong quãng thời gian đó JMA đã phân loại Brian là bão cuồng phong, với vận tốc gió duy trì 10 phút tối đa ước tính 120 km/giờ (75 dặm/giờ) cùng áp suất khí quyển tối thiểu 970 mbar (hPa, 28,64 inHg).[3] Lúc này hệ thống di chuyển theo hướng chính Tây, đổ bộ và đi dọc theo đường bờ biển phía Nam của đảo Hải Nam vào khoảng thời điểm 1500 UTC.[2]

Mặc dù tương tác với đất liền, Brian chỉ suy yếu đi một chút. Đến ngày 3 tháng 10, cơn bão tiến vào vịnh Bắc Bộ và tấn công Việt Nam một ngày sau, địa điểm đổ bộ gần thành phố Vinh với sức gió 140 km/giờ (85 dặm/giờ). Khi đã ở trên đất liền, quá trình suy yếu nhanh chóng diễn ra, và Brian tan biến trên vùng địa hình núi của Lào trong ngày 4 tháng 10.[2][6]